政协重庆市万州区委员会组建于1998年6月，其前身在1993年前为四川省万县地区政协联络处、万县地区政协联络委员会、万县地区政协工作委员会，在1998年前为政协四川省万县市委员会。

    1987年3月，设立四川省万县地区政协联络处，綦积善任主任。1989年5月，撤销联络处，设立万县地区政协联络委员会。1990年10月，更名为政协四川省委员会万县地区工作委员会。1993年初，万县地区撤地设市，4月成立政协第一届四川省万县市委员会。綦积善、张元铸先后担任主席。1997年重庆直辖，万县市更名为万州区，于1998年6月成立政协第一届重庆市万州区委员会，辜文兴、徐心贻先后担任主席。2003年2月组建政协第二届重庆市万州区委员会，洪景明任主席。2007年1月组建政协第三届重庆市万州区委员会，饶才邦任主席。

    三届万州区政协由26个界别组成，委员名额440名，现有委员415人，其中，常委会组成人员81人。主席会议成员10人（主席1人、副主席8人、秘书长1人），其中，党外人士5人。

    区政协设“一室七委”，即办公室和提案委员会、文史学习联络联谊委员会、移民委员会、经济委员会、城建环保委员会、社会法制委员会、科教文卫体委员会七个专门委员会。办公室下设6个科，即：秘书科、人事科、信息调研科、行财科、文档科和离退休人员工作科。各专门委员会分别对应设立一个工作科，即提案科、文史学习联络联谊科、移民科、经济科、城建环保科、社会法制科、科教文卫体科。

    万州区政协成立以来，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻党的基本路线和各项方针政策，在中共万州区委的领导下，高举社会主义和爱国主义两面旗帜，突出团结和民主两大主题，团结带领各参加单位、广大政协委员和各界人士，围绕中心、服务大局，认真履行政治协商、民主监督、参政议政职能，深入开展调查研究，切实反映社情民意，积极为党委政府建言献策，为促进万州的物质文明、政治文明、精神文明与和谐社会建设发挥了重要作用，为推进重庆第二大城市建设和全面建设小康社会，构建和谐万州作出了积极贡献。